ตามระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลังของกระทรวงการคลัง พ.ศ.๒๕๐๕ ได้กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการแต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย ๑ คนเพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายใน ต่อมาได้มีมติคณะรัฐมนตรีอ้างถึงหนังสือที่ สร.๐๒๐/ว๗๘ ลงวันที่ ๑๙ สิงหาคม ๒๕๑๙ เรื่องการแต่งตั้งผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการกำหนดให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการอื่นที่เทียบเท่ารวมถึงจังหวัดที่มีตำแหน่งอัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการและของจังหวัด โดยมีสายการบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการหรือผู้ว่าราชการแล้วแต่กรณีพร้อมทั้งมอบหมายให้กระทรวงการคลังโดยกรมบัญชีกลางทำหน้าที่ส่งเสริมและสนับสนุนด้านวิชาการแก่ผู้ตรวจสอบภายใน
ส่วนในหน้าที่ในเรื่องการกำกับดูแล การกำหนดขอบเขตงานและแผนการตรวจสอบให้ครอบคลุมงานที่มีความสำคัญมีความเสี่ยงมีงบประมาณสูงอีกรวมทั้งมีสัญญาณเตือนว่าอาจจะมีความเสียหายเกิดขึ้นและการกำหนดมาตรการการควบคุมภายในและระบบตรวจสอบให้มีประสิทธิภาพนั้นเป็นการกำหนดตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๓๐ มีนาคม ๒๕๔๒ ให้มีการจัดตั้งคณะกรรมการตรวจสอบ (Audit Committee)ของแต่ละกระทรวง รวมทั้งให้จัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในระดับกระทรวงขึ้นเพื่อทำหน้าที่เป็นเลขานุการของคณะกรรมการตรวจสอบและทำหน้าที่ตรวจสอบตามขอบเขตงานและแผนการตรวจสอบที่คณะกรรมการตรวจสอบกำหนดหรือให้ความเห็นชอบและผู้บริหารมอบหมาย
ดังนั้น เพื่อให้สอดคล้องกับระเบียบฯ และมติคณะรัฐมนตรีฯ ดังกล่าว มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา จึงได้จัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายในขึ้นตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยฯ ครั้งที่ ๒/๒๕๕๐ เมื่อวันที่ ๖ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๐ อนุมัติให้เป็นหน่วยงานภายในระดับกอง และมีหน่วยงานควบคุมภายในเป็นหน่วยงานภายในของสำนักงานตรวจสอบภายใน เมื่อเดือนกันยายน ๒๕๕๐ ตามมาตรา ๙(วรรคสาม)แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา และมาตรา ๑๕(๒)(๖)
สำนักงานตรวจสอบภายในได้มีการปรับโครงสร้างการทำงานของสำนักงานตรวจสอบภายใน เพื่อให้มีความสอดคล้องกับมาตรฐานการตรวจสอบภายใน รหัส ๑๑๐๐ ความเป็นอิสระและความเที่ยงธรรม อนุมัติตามมติคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ ๑๓ กันยายน ๒๕๕๔ และมติคณะกรรมการตรวจสอบการบริหารงานประจำมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ ๒๙ ธันวาคม ๒๕๕๔ กำหนดให้ยกเลิกหน่วยงานควบคุมภายใน ซึ่งเดิมเป็นหน่วยงานภายในของสำนักงานตรวจสอบภายใน ให้จัดตั้งเป็นคณะกรรมการควบคุมภายในและการบริหารความเสี่ยงของ มทร.ล้านนา สังกัดกองนโยบายและแผนแทน
ออกแบบและพัฒนาโดย สำนักวิทยบริการและเทคโนโลยีสารสนเทศ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา